为确保世博期间航班运行顺畅，从4月8日起，上海地区将临时新辟3个等待空域，新辟并对外开放5条航线，同时新开通3条临时航线，新开通并对外开放 4条绕飞禁区临时航线，临时调整4条飞越上海、杭州地区航班的飞行走向等。
同时，为有效缓解上海地区空中飞行的矛盾，当出现备降航班较为集中时，民航空管特设南京碌口机场、杭州萧山机场、合肥骆岗机场作为备降机场，为国外航空公司航班备降提供方便。
据了解，世博期间有240多个国家和国际组织齐聚上海，各参展国90%的参展物资要通过飞机运送。因此，在世博会前后虹桥机场航班起降高峰小时将达到43架次，比现在高峰小时增长30%；浦东机场世博会期间高峰小时将达到65架次，比现在高峰小时增长近20%，届时上海两大机场航班起降日高峰流量将接近2000架次。
针对上海世博期间空管保障面临飞行流量增长大；专机、要客飞行多；时间跨度长；雷雨天气多等特点，为保证航班安全顺畅地进出上海空港，根据浦东、虹桥两个机场的流量和天气状况，民航华东空管局已制定了三级响应机制，其中包括当上海地区及周边地区出现大范围恶劣天气，或预测浦东、虹桥机场小时起降高峰将达到131架次以上时即启动红色响应机制。
民航华东空管方面表示，会及时通报有关方面因流量限制造成的影响，加强与机场、航空公司的沟通与协调，确保世博期间航班运行顺畅，提高上海浦东机场和虹桥机场的运行效率，以减少航班延误。