实验结果显示，扫描产生的辐射危害主要集中在皮肤上，而皮肤是人体中对辐射最为敏感的器官部位。哥伦比亚大学放射学研究中心负责人戴维·布热勒说，尽管这一辐射强度对于单个乘客的危害“较低”，但他仍然希望研究人员们能够进行更多的实验，以便发现扫描对于辐射敏感人员将会产生何种影响。戴维·布热勒说，对于儿童和易引发基因突变的乘客来说，机场的全身扫描危害更大，因为这些人修补因X光辐射受损的DNA的能力相对更弱。在每20个人中，就有1个人易发基因突变。专家们进一步解释说，机场的这种安检扫描最有可能引发皮肤癌，皮肤癌是可以治愈的疾病，易发人群为50岁至70岁的中老年人。
不过，目前在机场安检扫描是否有损健康的问题上，也存在一些与该研究不同的声音。各国在辐射波强度方面都出台有相关标准，只要在允许范围内对人体健康就不会造成明显伤害。机场安检部门表示，人体扫描仪的使用是经过了充分论证后才开始实施的，再加上整个扫描过程时间非常短暂，因此对人体基本是安全的。
美国放射学院和马萨诸塞州总医院放射科负责人詹姆斯·斯拉尔博士称，机场安检时产生的辐射非常微弱，只要不是频繁接受照射，将不会显著地影响人体健康。斯拉尔在接受采访时说：“我们对医疗用X射线的担心，根本不适用于这些设备。这些设备的X射线非常微弱。用于医疗成像的X射线必须非常强，才能穿透人体。而机场反向散射扫描仪的X射线很弱，碰到皮肤后就反射回来了。”而美国交通安全局网站披露的数据显示，接受全身扫描仪一次检查遭受的辐射量，仅相当于坐飞机飞行两分钟受到的辐射量。
此外，有人担心此类全身扫描安检手段危害健康并侵犯隐私。另有一些专家认为，大规模使用此类安检设备并不一定能够有效增进机场安全。