然而，有人欢喜有人愁，有旅客抱怨，松山飞虹桥的票价太高了，以复兴航空运输股份有限公司（Transasia Airways Corporation，简称“复兴航空”）为例，一般三个月票期则约一万五千到一万六千元新台币（约合四千元港币），与桃园机场飞上海浦东机场票价相当。据悉，若桃园飞上海经香港或澳门，平均票价一万二千元，但直航票则贵了三、四千元，最近上海举办世博会，票源更为紧张，票价飞涨至二万元以上。
其实，直航票价高已是老问题。消费者从飞行成本的角度出发，认为两岸直航航班比过去增加，航程大大缩短，但票价却反而上升。去年八月底两岸直航正式开通，航班由原来的每周一百零八班增至二百七十班。而且目前的台北飞上海的航班无须再经香港飞行情报区，而是直接由北线航路与上海飞行情报区衔接，飞行时间由以往的一百四十四分钟缩短至八十二分钟。此外，台湾消基会反映，在岛内购买飞上海的机票比在上海购买飞台北的机票贵了六成八。
成本降低，确实让票价有下调的空间，但并不等于航空业者就一定要降价。市场经济的游戏规则是追求利润的最大化。以前台北飞大陆，需经香港或澳门，若是这样的迂回飞行对航空公司亦有利可图的话，那如今在无需停留港澳的情况下，更高的票价与更低的成本，这其中的巨额利润令人垂涎欲滴。而且一家知名的证券公司估算，一家航空公司自增加航班所得的利益一年逾四十亿元，获利率高达三成。
今年五月两岸客运直航航班新增了一百个班次，但从此次松山飞虹桥的票价来看，并无明显回落。表面上，两岸直航航班是增加了，但实际上远远不够。岛内航空公司指出，北京、广州及深圳等台商旅客需求高的航线，增班后将可天天有航班，不过，因为班次增加有限，票价调降空间不大。而这正是航空公司“吊高来卖”的原因：机位供不应求。除了频密来往两岸的台商、台干外，还有大量的陆客观光团，再加上近一年来大陆不少省市相继派出庞大的访问团，动辄数千人，更增加了直航机位的需求。
此外，垄断也是造成直航票价高居不下的原因。在岛内直航航班集中在复兴、长荣、华航等少数航空业者手中，在不完全竞争的状态下，航空业者则可“为所欲为”。
两岸直航的要旨是便利两岸同胞往来，但由于票价问题，却引来怨声不断。但愿两岸有关部门能有效解决此难题，勿让直航成了“暴利工具”。